El 11 de noviembre de 1808 al día siguiente de la batalla de Gamonal, llegó a Burgos Napoleón, entró de noche y sin llamar demasiado la atención.
Durante su estancia en Burgos se hospedó en la casa del Consulado, y él mismo se encargó en todo momento de controlar su propia seguridad, para lo que estableció guardias en los patios de la parte trasera del consulado, y ordenó que nadie se asomara a las ventanas, pero además siempre elegía habitaciones que tuviesen una sola puerta, sin fácil acceso.
Con la llegada del Emperador se terminaron al menos durante un tiempo los excesos y tropelías que las tropas francesas habían hecho en las tierras burgalesas, y ordenó restablecer la tranquilidad.
Unas de las primeras cosas que hizo fue visitar el castillo, y viendo su enorme potencial y la gran posición estratégica de Burgos ordenó que se reconstruyese y fortificase para poder llevar a cabo sus planes, haciendo además de Burgos base de operaciones de la zona norte de España y lugar de retirada y abastecimiento en caso de necesitarlo.
Aparte de dictar bandos, dar órdenes a sus subordinados, atender asuntos, despachar con gente o contestar correspondencia, también se ocupó de aspectos referentes a la ciudad y alrededores, para lo que la recorrió detenidamente para saber bien de los recursos de que disponía, así como para hacer las reformas oportunas.
Por supuesto visitó nuestros monumentos que le fascinaban y cuentan que en su visita a la Cartuja le impresionó tanto el sepulcro de los reyes D. Juan II y la reina Isabel que dio orden de que se desmontara para trasladarlo a París.
¡Por suerte para nosotros burgaleses! sus ingenieros le hicieron desistir de la idea, explicándole que transportar una obra tan delicada no haría otra cosa que destruirla.
También en Burgos, Napoleón publicó el famoso decreto en el que concedía el perdón general a los españoles que en el plazo de un mes desde su entrada en Madrid dejasen las armas y renunciasen cualquier clase de alianza con los ingleses.
Napoleón dejó la ciudad de Burgos el día 22 de noviembre, camino hacia Madrid.
